A Igreja da Ordem dos Cavaleiros Hospitalários de São João é o tesouro mais precioso de Malta. As tumbas dos cavaleiros em mármore colorido são fascinantes. No oratório, a única tela assinada de Caravaggio, A Decapitação de João Batista, é a obra-prima da coleção. O museu da catedral possui também manuscritos e uma rica coleção de tapeçaria holandesa. Sapatos de salto agulha não são permitidos.